Seit seiner Kindheit schon schreibt Whannell. In Australien arbeitete er zunächst als Reporter und Filmkritiker für verschiedene TV-shows. Im Film The Matrix Reloaded bekam er eine kleine Rolle und spielte in Saw eine der Hauptrollen. Gemeinsam mit James Wan, den er während seiner Studien an der Filmschule kennenlernte, schrieb er das Drehbuch zum gleichnamigen Film.

Auch für den Nachfolger Saw 2 schrieb er mit am Drehuch und war ausführender Produzent. Momentan arbeitet er an einem neuen Horrorfilm namens Silence.